Doanh nghiệp mới thành lập cần đăng ký những gì về thuế?

Doanh nghiệp mới thành lập cần đăng ký những gì về thuế không có một đáp án chung cho mọi công ty. Có việc chỉ đăng ký một lần, có việc chỉ phát sinh khi doanh nghiệp rơi vào trường hợp cụ thể, và có nghĩa vụ kê khai lặp lại theo kỳ. Bài viết giúp chủ doanh nghiệp ở Biên Hòa tự phân loại để biết mình phải làm gì, làm khi nào, không thừa cũng không thiếu.

1. Doanh nghiệp mới thành lập cần đăng ký những gì về thuế: việc cần kiểm tra ngay

Điểm xuất phát: mã số doanh nghiệp ghi trên giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế, nên doanh nghiệp không phải xin cấp mã số thuế riêng. Thứ cần “đăng ký” sau khi thành lập thực chất là phương thức giao dịch, cách tính thuế và các công cụ để thực hiện nghĩa vụ. Có thể chia thành ba nhóm:

Một xưởng cơ khí nhỏ ở phường Long Bình có 5 công nhân sẽ có nhiều việc ở nhóm B hơn một công ty tư vấn hai thành viên chưa thuê ai. Nhưng cả hai đều phải làm đủ nhóm A và nhóm C.

Thao tác chi tiết có ở bài doanh nghiệp mới thành lập cần làm thủ tục thuế gì; thứ tự ưu tiên theo tuần, tháng, quý được tóm gọn ở bài thành lập công ty xong cần làm gì.

2. Đăng ký và thiết lập phương thức giao dịch thuế điện tử

Đây là phần cốt lõi của thủ tục thuế ban đầu, thuộc nhóm A: chưa xong bước này thì các nghĩa vụ khác chưa thể bắt đầu. Cần thiết lập bốn thành phần:

1. Chữ ký số. Dùng để ký tờ khai, ký hóa đơn, giao dịch bảo hiểm; chi phí tùy nhà cung cấp và số năm. Có thể đăng ký qua dịch vụ chữ ký số cho doanh nghiệp.
2. Tài khoản giao dịch thuế điện tử trên thuedientu.gdt.gov.vn hoặc ứng dụng eTax, để nộp hồ sơ, nhận thông báo và tra cứu nghĩa vụ.
3. Nộp thuế điện tử qua ngân hàng từ tài khoản thanh toán đứng tên công ty. Thông tin tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp được cập nhật với cơ quan thuế theo hướng dẫn hiện hành.
4. Đầu mối nhận thông báo: email, số điện thoại của người thực sự theo dõi thuế.

Song song, doanh nghiệp nộp hồ sơ khai thuế ban đầu: đăng ký phương pháp tính thuế GTGT phù hợp (thường là phương pháp khấu trừ để xuất hóa đơn GTGT), chế độ kế toán và một số thông tin quản lý. Các lựa chọn này ảnh hưởng nhiều kỳ sau; nếu chưa chắc, dịch vụ khai thuế ban đầu sẽ rà theo ngành nghề và kế hoạch kinh doanh.

3. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử khi thuộc trường hợp áp dụng

Hóa đơn điện tử thuộc nhóm B vì gắn với việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Có doanh thu bán ra thì phải lập hóa đơn điện tử, và trước lần xuất đầu tiên phải đăng ký với cơ quan thuế, chờ được chấp nhận. Từ 01/7/2026, khung pháp lý là Nghị định 254/2026/NĐ-CP, thay Nghị định 123/2020/NĐ-CP; điểm mới được tổng hợp ở bài Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử.

Chọn thời điểm theo tình huống:

• Công ty thương mại, dịch vụ có khách ngay: đăng ký trước hợp đồng đầu tiên, vì khách doanh nghiệp thường cần hóa đơn mới thanh toán.
• Công ty đang đầu tư, xây xưởng, chưa bán hàng: chuẩn bị phần mềm và đăng ký trước thời điểm dự kiến có doanh thu.
• Loại hóa đơn phải khớp phương pháp tính thuế đã đăng ký: phương pháp khấu trừ dùng hóa đơn GTGT.

Doanh nghiệp dùng hóa đơn điện tử không còn nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quý. Phần mềm và gói số lượng hóa đơn tùy nhà cung cấp; dịch vụ hóa đơn điện tử hỗ trợ từ khâu chọn phần mềm tới khi nhận thông báo chấp nhận.

4. Xác định các nghĩa vụ khai thuế của doanh nghiệp

Muốn trả lời trọn vẹn câu hỏi doanh nghiệp mới thành lập cần đăng ký những gì về thuế, phải tách từng sắc thuế. Việc kê khai thuế doanh nghiệp mới chủ yếu xoay quanh ba loại dưới đây.

Thuế giá trị gia tăng

Doanh nghiệp mới khai GTGT theo quý, hạn là ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau; ví dụ quý IV/2026 hạn 31/01/2027. Đủ 12 tháng hoạt động thì kỳ khai được xác định lại theo doanh thu năm trước; không quá 50 tỷ đồng vẫn khai theo quý. Hai lưu ý cho kỳ đầu:

• Hóa đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế) phải thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ đầu vào.
• Thuế suất 10% giảm còn 8% đến hết 31/12/2026 cho hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện (Nghị quyết 204/2025/QH15), có nhóm loại trừ.

Thuế thu nhập doanh nghiệp

Thuế TNDN không có tờ khai tạm tính quý: doanh nghiệp tạm nộp tiền theo quý (hạn ngày 30 tháng đầu quý sau) nếu có số phải nộp, cuối năm quyết toán. Thuế suất theo Luật 67/2025/QH15 (hiệu lực 01/10/2025):

Ưu đãi cần đối chiếu:

• Doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới được miễn thuế TNDN 3 năm (Nghị quyết 198/2025/QH15, chi tiết tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP), trừ một số trường hợp loại trừ như chia, tách, chuyển đổi loại hình hoặc người góp vốn nhiều nhất đã có doanh nghiệp khác đang hoạt động.
• Doanh nghiệp có doanh thu năm không quá 1 tỷ đồng được miễn thuế TNDN (Nghị định 141/2026/NĐ-CP).

Các chính sách này miễn, giảm số tiền thuế, không miễn hồ sơ: doanh nghiệp vẫn lập báo cáo tài chính và nộp quyết toán đúng hạn.

Thuế thu nhập cá nhân khi có nghĩa vụ khấu trừ

TNCN thuộc nhóm B: chỉ phát sinh khi doanh nghiệp trả thu nhập cho cá nhân, chủ yếu là lương, tiền công. Khi đó doanh nghiệp khai cùng kỳ với GTGT và chỉ nộp tờ khai ở kỳ có phát sinh khấu trừ. Từ kỳ tính thuế 2026, giảm trừ gia cảnh là 15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân, 6,2 triệu đồng/tháng cho mỗi người phụ thuộc; biểu lũy tiến còn 5 bậc theo Luật Thuế TNCN 109/2025/QH15. Cuối năm doanh nghiệp có trả thu nhập phải quyết toán TNCN, hạn ngày cuối tháng thứ 3 sau năm tài chính.

Toàn bộ hạn khai, nộp từng loại thuế có trong bài lịch kê khai và nộp thuế doanh nghiệp.

5. Thiết lập sổ sách kế toán và chứng từ

Sổ sách không phải thủ tục đăng ký với cơ quan thuế, nhưng là nền để tờ khai có số liệu đúng. Theo Luật Kế toán 88/2015/QH13, đơn vị mới thành lập phải mở sổ từ ngày thành lập; kỳ kế toán đầu tiên tính từ ngày có hiệu lực ghi trên giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Những điểm cần chốt:

• Chế độ kế toán: doanh nghiệp nhỏ và vừa tiếp tục dùng Thông tư 133/2016/TT-BTC hoặc tự nguyện chọn Thông tư 99/2025/TT-BTC; phải khớp nội dung đã khai ở hồ sơ khai thuế ban đầu.
• Người làm kế toán: doanh nghiệp siêu nhỏ được bố trí người phụ trách kế toán, hoặc thuê đơn vị dịch vụ kế toán hợp pháp. Một số trường hợp người thân của người quản lý bị hạn chế làm kế toán, cần kiểm tra trước.
• Luồng chứng từ: hợp đồng, hóa đơn mua vào, sao kê ngân hàng, bảng lương có người nhận và hạn chuyển kế toán cố định hằng tháng.
• Lưu trữ: chứng từ ghi sổ, sổ kế toán, báo cáo tài chính năm tối thiểu 10 năm; tài liệu quản lý không trực tiếp ghi sổ tối thiểu 5 năm.

Chưa có người ghi sổ thì có thể dùng dịch vụ làm sổ sách kế toán ngay từ tháng đầu thay vì dồn đến cuối năm.

6. Nghĩa vụ bảo hiểm, lao động và các khoản liên quan khi có nhân sự

Nhóm này hoàn toàn thuộc loại “chỉ làm khi có trường hợp phát sinh”:

Hợp đồng lao động, bảng chấm công, bảng lương có chữ ký là căn cứ đóng BHXH và tính lương vào chi phí khi quyết toán TNDN. Doanh nghiệp chưa có bộ phận nhân sự có thể dùng dịch vụ bảo hiểm xã hội.

7. Doanh nghiệp chưa phát sinh doanh thu có cần thực hiện nghĩa vụ thuế không?

Có. Chưa có doanh thu không xóa nhóm A và nhóm C, chỉ làm nhóm B chưa phát sinh:

• Nhóm A: vẫn phải hoàn tất đầy đủ.
• Nhóm C: kỳ GTGT không phát sinh vẫn nộp tờ khai, trừ khi đã tạm ngừng kinh doanh; cuối năm vẫn lập báo cáo tài chính và quyết toán.
• Nhóm B: chưa bán hàng thì chưa xuất hóa đơn, chưa trả lương thì chưa có tờ khai TNCN.

Tờ khai trễ dù số thuế bằng không vẫn bị phạt: theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP), tổ chức trễ 1–30 ngày bị phạt 2–5 triệu đồng, trễ 31–60 ngày bị phạt 5–8 triệu đồng. Chi tiết hơn ở bài không phát sinh doanh thu có phải kê khai thuế không. Tại Kế Toán Biên Hòa, kế toán cho doanh nghiệp chưa phát sinh hóa đơn là 500.000đ/tháng; các mức khác xem ở bảng giá dịch vụ kế toán.

8. Các sai sót thường gặp và cách hạn chế

Phần lớn sai sót về nghĩa vụ thuế công ty mới thành lập đến từ việc xếp nhầm nhóm, không phải do không biết luật. Những tình huống chúng tôi gặp nhiều ở Biên Hòa và Trảng Bom:

1. Coi nghĩa vụ định kỳ là việc “có doanh thu mới làm”, bỏ trống vài quý tờ khai GTGT. Hạn chế: ghi các hạn cuối tháng 1, 4, 7, 10 vào lịch chung ngay từ đầu.
2. Đăng ký hóa đơn quá muộn, khách đã chuyển khoản mà chưa xuất được hóa đơn. Hạn chế: đăng ký khi biết ngày ký hợp đồng đầu tiên.
3. Bỏ sót nghĩa vụ theo trường hợp khi tuyển người: không khấu trừ TNCN, không đăng ký BHXH. Hạn chế: mỗi lần tuyển, rà lại nhóm B ở bảng mục 1.
4. Hiểu “được miễn thuế” là “không phải khai”, không nộp quyết toán và báo cáo tài chính. Hạn chế: tách bạch số tiền phải nộp với nghĩa vụ hồ sơ.

Bảng tổng hợp đầy đủ theo nhóm việc, người phụ trách và thời hạn có ở bài những việc cần làm sau khi thành lập công ty. Nếu chưa thành lập, dịch vụ thành lập công ty tại Biên Hòa gói Trọn gói đã gồm chữ ký số, đăng ký hóa đơn điện tử và khai thuế ban đầu. Với nghĩa vụ định kỳ, dịch vụ kế toán trọn gói giúp doanh nghiệp không phải tự theo dõi từng hạn nộp.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp mới thành lập có phải đăng ký mã số thuế riêng không?

Không. Mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế; doanh nghiệp chỉ cần đăng ký giao dịch thuế điện tử, nộp hồ sơ khai thuế ban đầu và thiết lập chữ ký số, hóa đơn điện tử khi cần.

Doanh nghiệp mới thành lập cần đăng ký những gì về thuế nếu chưa có nhân viên?

Vẫn phải làm các việc thiết lập một lần (chữ ký số, tài khoản thuế điện tử, khai thuế ban đầu, mở sổ) và nộp tờ khai GTGT theo quý; khấu trừ TNCN, BHXH, khai trình lao động chỉ phát sinh khi bắt đầu sử dụng lao động.

Chưa bán hàng có cần đăng ký hóa đơn điện tử ngay không?

Không cần ngay ngày đầu, nhưng phải được cơ quan thuế chấp nhận trước lần xuất hóa đơn đầu tiên, nên đăng ký trước hợp đồng bán hàng đầu tiên.

Đang được miễn thuế TNDN có phải nộp quyết toán không?

Có. Miễn thuế 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập hay miễn thuế cho doanh nghiệp doanh thu năm không quá 1 tỷ đồng đều là miễn tiền thuế; báo cáo tài chính và hồ sơ quyết toán vẫn phải nộp đúng hạn.

Doanh nghiệp mới có còn phải nộp lệ phí môn bài không?

Không. Lệ phí môn bài đã bãi bỏ từ 01/01/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15.

Thông tin liên hệ

Kế Toán Biên Hòa hỗ trợ doanh nghiệp mới thành lập hoàn tất phần thuế ban đầu và vận hành kế toán ổn định: khai thuế ban đầu, chữ ký số, hóa đơn điện tử, sổ kế toán, BHXH, kê khai định kỳ và quyết toán cuối năm tại các phường Trấn Biên, Biên Hòa, Long Bình, Tam Hiệp, Trảng Dài, Hố Nai, khu vực Trảng Bom, Long Thành và các KCN Amata, Biên Hòa 2, Loteco, làm việc thứ 2 đến thứ 7, 8:00–18:30.