Doanh nghiệp mới thành lập cần làm những thủ tục thuế gì?

Cầm giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp về chưa phải là xong. Khoảng thời gian 30 ngày đầu tiên là lúc doanh nghiệp phải hoàn tất một loạt thủ tục thuế ban đầu, và cũng là lúc dễ bỏ sót nhất vì chưa có kế toán. Bài viết liệt kê đầy đủ từng việc, theo đúng thứ tự nên làm, cập nhật theo quy định áp dụng cho năm 2026.

Sau khi thành lập doanh nghiệp cần làm gì?

Sau khi có mã số doanh nghiệp (đồng thời là mã số thuế), có bảy nhóm việc cần hoàn tất, phần lớn phải làm theo đúng thứ tự vì việc sau phụ thuộc việc trước:

1. Mở tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp.
2. Mua và đăng ký chữ ký số.
3. Đăng ký tài khoản thuế điện tử trên hệ thống của cơ quan thuế.
4. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử và chờ chấp nhận.
5. Nộp hồ sơ khai thuế ban đầu, đăng ký phương pháp tính thuế và chế độ kế toán.
6. Thiết lập hệ thống sổ sách kế toán, treo biển tại trụ sở.
7. Bắt đầu chu kỳ kê khai định kỳ và chuẩn bị cho báo cáo tài chính năm đầu tiên.

Nếu doanh nghiệp chưa thành lập, tham khảo dịch vụ thành lập công ty. Với thủ tục ban đầu về thuế, xem dịch vụ khai thuế ban đầu.

Đăng ký và sử dụng tài khoản thuế điện tử

Toàn bộ việc nộp tờ khai, nộp tiền và tra cứu nghĩa vụ thuế hiện nay thực hiện trực tuyến. Doanh nghiệp cần đăng ký tài khoản trên hệ thống thuế điện tử, sử dụng chữ ký số để xác thực.

Hai chức năng cần dùng ngay và dùng lâu dài:

• Nộp tờ khai và nộp tiền: đăng ký thêm dịch vụ nộp thuế điện tử với ngân hàng nơi mở tài khoản để lập được giấy nộp tiền.
• Tra cứu nghĩa vụ thuế: mục này cho biết số phải nộp, đã nộp, còn phải nộp của từng sắc thuế. Nên kiểm tra định kỳ hằng quý, vì đây là nơi phát hiện sớm các khoản treo do nộp nhầm tiểu mục.

Cần cập nhật ngay địa chỉ email và số điện thoại nhận thông báo — mọi thông báo của cơ quan thuế, kể cả thông báo giải trình, đều gửi qua kênh này.

Chữ ký số

Chữ ký số là điều kiện để làm gần như mọi thủ tục điện tử: nộp tờ khai, nộp tiền thuế, phát hành hóa đơn điện tử, giao dịch bảo hiểm xã hội, khai hải quan.

• Đăng ký với nhà cung cấp dịch vụ chứng thực chữ ký số, thời hạn thường theo gói 1–3 năm.
• Sau khi có chữ ký số phải đăng ký với cơ quan thuế thì mới dùng để nộp hồ sơ được.
• Theo dõi ngày hết hạn. Chữ ký số hết hạn đúng vào kỳ kê khai là nguyên nhân trễ hạn rất phổ biến ở doanh nghiệp nhỏ, vì việc gia hạn cần vài ngày làm việc.

Xem dịch vụ chữ ký số.

Hóa đơn điện tử

Doanh nghiệp phải sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định. Trình tự gồm ba bước:

1. Chọn nhà cung cấp phần mềm hóa đơn điện tử và mua số lượng hóa đơn theo gói.
2. Nộp tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử tới cơ quan thuế qua hệ thống, ký bằng chữ ký số.
3. Chờ thông báo chấp nhận. Chỉ sau khi được chấp nhận, doanh nghiệp mới được phát hành hóa đơn.

Đây là mốc doanh nghiệp mới hay tính sai thời gian: nhận đơn hàng đầu tiên nhưng chưa được chấp nhận sử dụng hóa đơn thì chưa xuất hóa đơn được. Nên hoàn tất bước này ngay trong tuần đầu, trước khi có doanh thu.

Doanh nghiệp dùng hóa đơn điện tử không phải nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quý — dữ liệu đã chuyển tới cơ quan thuế ngay khi phát hành. Xem dịch vụ hóa đơn điện tử.

Kê khai thuế ban đầu

Hồ sơ khai thuế ban đầu là bộ thông tin doanh nghiệp đăng ký với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, xác định cách doanh nghiệp sẽ kê khai trong suốt quá trình hoạt động. Nội dung chính:

• Phương pháp tính thuế giá trị gia tăng — khấu trừ hay trực tiếp. Chọn phương pháp khấu trừ mới được sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng và được khấu trừ thuế đầu vào.
• Chế độ kế toán áp dụng — phần lớn doanh nghiệp nhỏ và vừa áp dụng chế độ kế toán dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa.
• Phương pháp trích khấu hao tài sản cố định.
• Năm tài chính — theo năm dương lịch hay năm tài chính khác.
• Thông tin tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp.
• Đăng ký người phụ trách kế toán theo quy định về kế toán.

Những lựa chọn ở bước này ảnh hưởng đến toàn bộ các kỳ sau và không dễ thay đổi giữa chừng, nên cần cân nhắc thay vì điền cho có.

Lệ phí môn bài

Đây là điểm khác biệt lớn nhất so với mọi hướng dẫn được viết trước năm 2026. Theo Nghị quyết 198/2025/QH15, việc thu và nộp lệ phí môn bài chấm dứt từ ngày 01/01/2026.

Doanh nghiệp thành lập từ 2026 trở đi:

• Không phải nộp tờ khai lệ phí môn bài.
• Không phải nộp tiền lệ phí môn bài cho trụ sở chính, cũng như cho chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh.
• Không còn phải quan tâm mốc “30/01 nộp thuế môn bài” hay thời hạn khai môn bài trong 30 ngày kể từ ngày thành lập.

Việc này bỏ đi một mốc, nhưng không làm nhẹ các thủ tục còn lại — nhiều doanh nghiệp mới nghe tin “bỏ môn bài” rồi hiểu nhầm thành “năm đầu không phải làm gì về thuế”.

Thuế giá trị gia tăng

Doanh nghiệp mới thành lập kê khai thuế giá trị gia tăng theo quý, hạn nộp là ngày cuối cùng của tháng đầu quý kế tiếp. Sau khi hoạt động đủ 12 tháng, kỳ kê khai được xác định lại theo doanh thu của năm dương lịch liền trước.

Ba điều cần nắm ngay từ kỳ đầu tiên:

• Kỳ chưa phát sinh doanh thu vẫn phải nộp tờ khai. Nộp trễ tờ khai không phát sinh số thuế vẫn bị phạt.
• Thuế đầu vào của giai đoạn đầu tư, chưa có doanh thu, vẫn được theo dõi và khấu trừ chuyển sang các kỳ sau nếu đủ điều kiện.
• Hóa đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế phải thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ — điều này nghĩa là doanh nghiệp nên hạn chế chi tiền mặt ngay từ đầu.

Thuế thu nhập cá nhân

Ngay khi có người lao động, doanh nghiệp trở thành tổ chức khấu trừ thuế thu nhập cá nhân. Việc cần làm:

• Ký hợp đồng lao động, lập bảng lương và bảng chấm công ngay từ tháng đầu tiên — đây là chứng từ bắt buộc để chi phí lương được tính vào chi phí được trừ.
• Thu hồ sơ đăng ký người phụ thuộc để tính giảm trừ gia cảnh. Từ kỳ tính thuế năm 2026, mức giảm trừ là 15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân và 6,2 triệu đồng/tháng cho mỗi người phụ thuộc.
• Khấu trừ và kê khai theo kỳ tương ứng với kỳ kê khai thuế giá trị gia tăng. Kỳ không phát sinh khấu trừ thì không phải nộp tờ khai kỳ đó.
• Đăng ký tham gia bảo hiểm xã hội cho người lao động thuộc diện bắt buộc. Xem dịch vụ bảo hiểm xã hội.

Thuế thu nhập doanh nghiệp

Trong năm hoạt động đầu tiên, doanh nghiệp tạm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quý (chỉ nộp tiền, không có tờ khai), chậm nhất ngày 30 của tháng đầu quý sau. Cuối năm quyết toán một lần.

Hai chính sách có lợi cần biết:

• Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm kể từ khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, dành cho doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới theo chính sách hỗ trợ kinh tế tư nhân.
• Thuế suất theo quy mô doanh thu theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15: 15% với doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng, 17% với doanh thu trên 3 tỷ đến không quá 50 tỷ đồng, 20% với các trường hợp còn lại.

Lưu ý quan trọng: được miễn thuế không có nghĩa là được miễn kê khai. Doanh nghiệp trong thời gian miễn thuế vẫn phải nộp tờ khai định kỳ, quyết toán thuế và nộp báo cáo tài chính đúng hạn.

Chế độ sổ sách kế toán

Doanh nghiệp phải tổ chức bộ máy kế toán và ghi sổ ngay từ nghiệp vụ đầu tiên, kể cả khi chưa có doanh thu. Những việc cần thiết lập:

• Chọn chế độ kế toán và hệ thống tài khoản áp dụng, đã đăng ký ở bước khai thuế ban đầu.
• Chọn phần mềm kế toán hoặc phương thức ghi sổ, thống nhất từ đầu để không phải chuyển đổi dữ liệu giữa chừng.
• Bố trí người phụ trách kế toán đáp ứng điều kiện theo quy định — có thể là nhân sự nội bộ hoặc thuê dịch vụ bên ngoài.
• Thiết lập quy trình luân chuyển chứng từ: ai nhận hóa đơn, lưu ở đâu, chuyển cho kế toán vào ngày nào trong tháng.

Việc ghi sổ nên chạy song song theo tháng. Dồn cả năm rồi làm một lần vào tháng 3 năm sau là nguyên nhân chính khiến chứng từ thiếu mà không còn kịp bổ sung. Xem dịch vụ làm sổ sách kế toán.

Báo cáo tài chính cuối năm

Doanh nghiệp thành lập trong năm vẫn phải nộp báo cáo tài chính cho năm đó, chậm nhất ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm tài chính — nộp cùng hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.

Một quy định hữu ích cho doanh nghiệp thành lập vào cuối năm: nếu kỳ tính thuế năm đầu tiên ngắn hơn 3 tháng, doanh nghiệp được cộng gộp vào kỳ tính thuế của năm tiếp theo, tạo thành một kỳ tính thuế không quá 15 tháng. Doanh nghiệp thành lập vào tháng 11 hoặc tháng 12 nên cân nhắc phương án này thay vì làm một bộ báo cáo cho vài tuần hoạt động.

Checklist doanh nghiệp mới thành lập

Lưu ý: từ năm 2026 không còn bước khai và nộp lệ phí môn bài — mục này đã được loại khỏi checklist.

Những việc thường bị bỏ sót

• Không nộp tờ khai ở các kỳ chưa có doanh thu. Đây là lỗi phổ biến nhất của doanh nghiệp năm đầu, và bị phạt dù số thuế bằng không.
• Chậm đăng ký hóa đơn điện tử, đến khi có khách hàng mới cuống lên làm, không kịp xuất hóa đơn.
• Không treo biển tại trụ sở. Cơ quan thuế có thể kiểm tra địa chỉ; trụ sở không có biển hiệu, không có người, dễ bị xếp vào diện không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký — hệ quả rất nặng, kéo theo khóa mã số thuế.
• Chi tiền mặt cho các hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên, mất quyền khấu trừ thuế đầu vào.
• Không lưu chứng từ giai đoạn trước khi hoạt động — chi phí thành lập, thuê văn phòng, mua thiết bị ban đầu — dẫn tới không đưa được vào chi phí được trừ.
• Không cập nhật thay đổi thông tin về địa chỉ, người đại diện, tài khoản ngân hàng với cơ quan thuế. Xem thủ tục đổi địa chỉ công ty.
• Để chữ ký số hết hạn đúng vào kỳ kê khai.

Doanh nghiệp mới còn hay phân vân giữa tự làm và thuê ngoài trong năm đầu — bài doanh nghiệp mới thành lập có nên thuê dịch vụ kế toán phân tích cụ thể hơn.

Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp mới thành lập năm 2026 có phải nộp lệ phí môn bài không?

Không. Theo Nghị quyết 198/2025/QH15, việc thu và nộp lệ phí môn bài chấm dứt từ ngày 01/01/2026. Doanh nghiệp thành lập từ thời điểm này không phải nộp tiền cũng như không phải nộp hồ sơ khai lệ phí môn bài.

Chưa phát sinh doanh thu có phải nộp tờ khai thuế không?

Có. Doanh nghiệp đã được cấp mã số thuế và đang hoạt động phải nộp hồ sơ khai thuế đúng hạn ngay cả khi không phát sinh doanh thu và số thuế phải nộp bằng không. Nộp trễ vẫn bị xử phạt.

Bao lâu sau khi thành lập thì phải hoàn tất thủ tục thuế ban đầu?

Nên hoàn tất trong vòng 30 ngày kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Riêng chữ ký số, tài khoản thuế điện tử và hóa đơn điện tử nên làm ngay trong tuần đầu, vì các thủ tục sau đều phụ thuộc vào chúng.

Doanh nghiệp thành lập tháng 12 có phải làm báo cáo tài chính cho năm đó không?

Nếu kỳ tính thuế năm đầu tiên ngắn hơn 3 tháng, doanh nghiệp được cộng gộp vào kỳ tính thuế năm tiếp theo để tạo thành một kỳ không quá 15 tháng. Trường hợp này chỉ làm một bộ báo cáo cho kỳ gộp.

Doanh nghiệp mới thành lập kê khai thuế theo tháng hay theo quý?

Theo quý. Sau khi hoạt động đủ 12 tháng, kỳ kê khai được xác định lại căn cứ doanh thu của năm dương lịch liền trước và áp dụng ổn định cho chu kỳ ba năm.

Đang trong thời gian miễn thuế thu nhập doanh nghiệp thì có phải quyết toán không?

Có. Miễn thuế là miễn số tiền phải nộp, không miễn nghĩa vụ kê khai. Doanh nghiệp vẫn phải nộp tờ khai định kỳ, hồ sơ quyết toán và báo cáo tài chính đúng hạn.

Thông tin liên hệ

Kế Toán Biên Hòa hỗ trợ doanh nghiệp mới thành lập tại Biên Hòa, Đồng Nai từ khâu đăng ký kinh doanh đến khi bộ máy kế toán chạy ổn định: thành lập công ty, khai thuế ban đầu, chữ ký số, hóa đơn điện tử, bảo hiểm xã hội, kế toán trọn gói theo tháng, lập báo cáo tài chính và quyết toán thuế cuối năm.