Hồ sơ quyết toán thuế doanh nghiệp gồm những gì?

Bộ hồ sơ nộp cho cơ quan thuế khi quyết toán rất gọn — vài tờ khai và một bộ báo cáo tài chính. Nhưng bộ hồ sơ phải lưu tại doanh nghiệp để chứng minh những con số đó thì lớn hơn nhiều lần. Bài viết này liệt kê cả hai, kèm checklist để doanh nghiệp tự soát trước khi tới hạn quyết toán.

Hồ sơ quyết toán thuế gồm những gì?

Chia làm hai nhóm, phục vụ hai mục đích khác nhau:

Sai lầm phổ biến là chỉ chuẩn bị nhóm thứ nhất. Đến khi có quyết định kiểm tra thì nhóm thứ hai mới là thứ quyết định doanh nghiệp có bị loại chi phí và truy thu hay không.

Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp

Bộ hồ sơ nộp gồm:

• Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (mẫu 03/TNDN theo quy định hiện hành).
• Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh, chọn đúng mẫu theo loại hình hoạt động của doanh nghiệp.
• Phụ lục chuyển lỗ, nếu doanh nghiệp có số lỗ của các năm trước được chuyển sang bù trừ.
• Phụ lục ưu đãi thuế, nếu doanh nghiệp thuộc diện được miễn, giảm thuế — chẳng hạn doanh nghiệp nhỏ và vừa thành lập mới trong thời gian được miễn thuế 3 năm.
• Phụ lục giao dịch liên kết, nếu doanh nghiệp có quan hệ liên kết và phát sinh giao dịch với các bên liên kết. Đây là phụ lục hay bị bỏ sót ở doanh nghiệp có công ty mẹ ở nước ngoài hoặc có nhiều công ty cùng chủ sở hữu.
• Các phụ lục khác tùy đặc thù: chuyển nhượng bất động sản, hoạt động ở nhiều địa bàn, trích lập quỹ khoa học công nghệ.

Khi lập tờ khai cần chú ý áp đúng thuế suất theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15: 15% với tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng, 17% với doanh thu trên 3 tỷ đến không quá 50 tỷ đồng, 20% với các trường hợp còn lại — căn cứ là doanh thu của kỳ tính thuế liền trước.

Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân

Doanh nghiệp quyết toán với tư cách tổ chức trả thu nhập. Bộ hồ sơ gồm:

• Tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân (mẫu 05/QTT-TNCN theo quy định hiện hành).
• Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân thuộc diện tính thuế theo biểu lũy tiến từng phần.
• Phụ lục bảng kê chi tiết cá nhân tính thuế theo thuế suất toàn phần — lao động thời vụ, cộng tác viên, cá nhân không cư trú.
• Phụ lục bảng kê chi tiết người phụ thuộc được giảm trừ gia cảnh.

Hồ sơ lưu kèm theo phải có: hồ sơ đăng ký người phụ thuộc của từng cá nhân, bản cam kết của cá nhân thuộc diện không khấu trừ theo tỷ lệ, và giấy ủy quyền quyết toán của các cá nhân ủy quyền cho doanh nghiệp quyết toán thay.

Từ kỳ tính thuế năm 2026, mức giảm trừ gia cảnh áp dụng khi quyết toán là 15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân người nộp thuế và 6,2 triệu đồng/tháng cho mỗi người phụ thuộc.

Báo cáo tài chính

Nộp cùng hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, gồm bốn thành phần:

• Bảng cân đối kế toán (hoặc báo cáo tình hình tài chính, tùy chế độ kế toán áp dụng).
• Báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh.
• Báo cáo lưu chuyển tiền tệ.
• Bản thuyết minh báo cáo tài chính.

Doanh nghiệp thuộc diện kiểm toán bắt buộc — doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, tổ chức tín dụng, doanh nghiệp bảo hiểm, công ty đại chúng và một số nhóm khác — phải có báo cáo tài chính đã được kiểm toán trước khi nộp. Xem dịch vụ lập báo cáo tài chính.

Sổ sách kế toán

Không nộp cho cơ quan thuế nhưng bắt buộc phải có và phải khớp với báo cáo:

• Sổ nhật ký chung (hoặc sổ theo hình thức kế toán doanh nghiệp đang áp dụng).
• Sổ cái các tài khoản và sổ chi tiết theo từng đối tượng.
• Bảng cân đối số phát sinh cả năm.
• Sổ chi tiết công nợ phải thu, phải trả theo từng khách hàng và nhà cung cấp.
• Sổ chi tiết hàng tồn kho, bảng tổng hợp nhập – xuất – tồn.
• Sổ tài sản cố định và bảng tính khấu hao.
• Sổ quỹ tiền mặt và sổ tiền gửi ngân hàng.

Nếu doanh nghiệp chưa hoàn thiện phần này, xem dịch vụ làm sổ sách kế toán.

Hóa đơn đầu vào – đầu ra

• Toàn bộ hóa đơn đầu ra đã phát hành trong năm, kể cả hóa đơn điều chỉnh và hóa đơn thay thế, kèm thông báo gửi cơ quan thuế đối với hóa đơn có sai sót.
• Toàn bộ hóa đơn đầu vào, sắp xếp theo tháng, khớp với bảng kê đã kê khai từng kỳ.
• Bảng kê hóa đơn tải từ hệ thống hóa đơn điện tử cho cả năm — dùng để đối chiếu với sổ, và cũng chính là dữ liệu cơ quan thuế đang có.
• Với hóa đơn có giá trị lớn: kèm chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Hóa đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế mà không có chứng từ này thì không được khấu trừ.

Hợp đồng và chứng từ liên quan

Hóa đơn chỉ chứng minh có giao dịch trên giấy tờ; hợp đồng và chứng từ đi kèm mới chứng minh giao dịch có thật:

• Hợp đồng kinh tế đầu ra và đầu vào, kèm phụ lục điều chỉnh.
• Biên bản nghiệm thu, biên bản bàn giao, phiếu giao hàng.
• Biên bản thanh lý hợp đồng.
• Hợp đồng thuê văn phòng, nhà xưởng, kho bãi kèm chứng từ thanh toán.
• Hợp đồng vay và chứng từ giải ngân, bảng tính lãi vay — đặc biệt quan trọng nếu doanh nghiệp có vay của cá nhân.
• Hồ sơ tài sản cố định: hợp đồng mua, biên bản bàn giao đưa vào sử dụng, quyết định thời gian trích khấu hao.
• Biên bản kiểm kê tài sản và hàng tồn kho tại thời điểm cuối năm.

Hồ sơ tiền lương

Chi phí lương chiếm tỷ trọng lớn và là nhóm bị loại nhiều nhất khi thiếu chứng từ. Cần đủ:

• Hợp đồng lao động của toàn bộ người lao động, kể cả lao động thời vụ.
• Quy chế lương thưởng, quy chế tài chính nội bộ — cơ sở để các khoản thưởng, phụ cấp, khoán chi được tính vào chi phí được trừ.
• Bảng chấm công và bảng thanh toán tiền lương từng tháng, có ký nhận hoặc chứng từ chuyển khoản.
• Quyết định tăng lương, quyết định thưởng.
• Hồ sơ đăng ký người phụ thuộc, bản cam kết của cá nhân thuộc diện không khấu trừ theo tỷ lệ.
• Hồ sơ bảo hiểm xã hội: danh sách tham gia, chứng từ nộp tiền, đối chiếu với quỹ lương. Xem dịch vụ bảo hiểm xã hội.

Chứng từ ngân hàng

• Sao kê đầy đủ 12 tháng của tất cả tài khoản doanh nghiệp đang sử dụng, không chỉ tài khoản chính.
• Ủy nhiệm chi của các khoản thanh toán cho nhà cung cấp.
• Chứng từ nộp tiền thuế, phân biệt rõ từng sắc thuế và tiểu mục.
• Sổ phụ ngân hàng đối chiếu với sổ tiền gửi trên sổ kế toán, số dư cuối năm phải khớp.

Đây cũng là nhóm dễ chuẩn bị nhất nhưng hay bị thiếu, vì doanh nghiệp chỉ tải sao kê khi cần chứ không lưu định kỳ. Nên tải và lưu ngay từng tháng.

Các hồ sơ có thể cần giải trình

Ngoài bộ tài liệu chuẩn, cơ quan thuế thường hỏi thêm ở những điểm sau — nên chuẩn bị sẵn văn bản giải thích:

• Chênh lệch doanh thu giữa sổ kế toán, tờ khai thuế giá trị gia tăng và dữ liệu hóa đơn điện tử.
• Công nợ treo lâu năm không có hồ sơ đi kèm, hoặc khoản trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi.
• Số dư tiền mặt lớn bất thường trong khi doanh nghiệp vẫn đi vay.
• Khoản vay của cá nhân, đặc biệt là vay của chủ sở hữu, và phần lãi vay tương ứng.
• Chi phí không có hợp đồng nhưng giá trị lớn.
• Doanh nghiệp lỗ nhiều năm liên tiếp mà vẫn mở rộng hoạt động.
• Giao dịch với bên liên kết, giao dịch với nhà cung cấp đã bỏ địa chỉ kinh doanh.
• Chênh lệch kiểm kê hàng tồn kho, tài sản cố định không có biên bản xử lý.

Checklist hồ sơ quyết toán

Những lỗi thường gặp khi chuẩn bị hồ sơ

• Chỉ chuẩn bị hồ sơ nộp, bỏ qua hồ sơ lưu. Đến khi kiểm tra mới đi tìm chứng từ của vài năm trước.
• Thiếu chứng từ đi kèm hóa đơn. Hóa đơn hợp lệ nhưng không có hợp đồng, biên bản nghiệm thu hay ủy nhiệm chi thì chi phí vẫn có thể bị loại.
• Bỏ sót phụ lục giao dịch liên kết. Doanh nghiệp có công ty mẹ, công ty cùng chủ sở hữu, hoặc vay của bên liên kết đều có thể thuộc diện phải kê khai.
• Hồ sơ lương không đồng bộ giữa bảng lương, tờ khai thuế thu nhập cá nhân và dữ liệu bảo hiểm xã hội.
• Sao kê ngân hàng thiếu tài khoản. Doanh nghiệp mở nhiều tài khoản nhưng chỉ tải sao kê của một tài khoản chính.
• Không có biên bản kiểm kê cuối năm cho hàng tồn kho và tài sản cố định.
• Chưa xử lý hóa đơn sai sót phát hiện trong năm, để tồn tới lúc quyết toán.
• Lưu trữ rời rạc. Chứng từ nằm ở nhiều nơi, nhiều người, không có quy tắc đặt tên và sắp xếp — riêng việc gom lại đã mất hàng tuần.

Danh sách lỗi về mặt số liệu, tách riêng với lỗi hồ sơ, có ở bài các lỗi kê khai thuế doanh nghiệp thường gặp.

Câu hỏi thường gặp

Hồ sơ quyết toán thuế nộp cho cơ quan thuế gồm những gì?

Gồm tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và các phụ lục, tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân và các phụ lục, cùng bộ báo cáo tài chính năm. Doanh nghiệp thuộc diện kiểm toán bắt buộc phải nộp kèm báo cáo tài chính đã kiểm toán.

Có phải nộp sổ sách kế toán cho cơ quan thuế không?

Không nộp cùng hồ sơ quyết toán. Nhưng sổ sách phải có sẵn, khớp với báo cáo tài chính và được xuất trình khi cơ quan thuế kiểm tra.

Doanh nghiệp phải lưu hồ sơ quyết toán trong bao lâu?

Tài liệu kế toán dùng trực tiếp để ghi sổ và lập báo cáo tài chính phải lưu tối thiểu 10 năm theo quy định về kế toán. Nên lưu song song bản giấy và bản điện tử.

Hóa đơn thanh toán bằng tiền mặt có được tính vào chi phí không?

Hóa đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì không đủ điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng, và khoản chi tương ứng cũng có rủi ro bị loại khỏi chi phí được trừ khi quyết toán.

Doanh nghiệp nhỏ có phải nộp báo cáo lưu chuyển tiền tệ không?

Thành phần bộ báo cáo tài chính phụ thuộc chế độ kế toán mà doanh nghiệp đăng ký áp dụng. Doanh nghiệp cần đối chiếu với chế độ kế toán đã đăng ký ở hồ sơ khai thuế ban đầu để nộp đúng và đủ mẫu biểu.

Nếu thiếu chứng từ của các năm trước thì xử lý thế nào?

Liên hệ đối tác để xin cấp lại bản sao trong khi họ còn hoạt động, tải lại sao kê từ ngân hàng, tải lại dữ liệu hóa đơn từ hệ thống hóa đơn điện tử. Với chứng từ không thể khôi phục, cần lập văn bản giải trình và chấp nhận khả năng khoản chi tương ứng bị loại.

Thông tin liên hệ

Kế Toán Biên Hòa nhận hoàn thiện sổ sách, chuẩn bị hồ sơ và thực hiện quyết toán thuế cuối năm cho doanh nghiệp tại Biên Hòa, Đồng Nai — bao gồm cả trường hợp phải làm bù nhiều năm hoặc chuẩn bị cho kỳ kiểm tra của cơ quan thuế. Ngoài ra chúng tôi làm kế toán trọn gói theo tháng và các thủ tục pháp lý doanh nghiệp.